Многолетний вечнозеленый полукустарник. Стебель прямостоячий, разветвленный, деревянистый у основания, высотой 50-60см. Листья черешковые, дважды- или трижды перисто-рассеченные, сизо-зеленые. Цветки мелкие, желтые, собраны в соцветия – кисти. Горьковато-острые листья используются в небольших количествах в салатах. Листья и семена применяют в качестве пряности чаще всего в сушеном виде. Рутой приправляют салаты, тушеную баранину, овощные блюда, мясные начинки. Оригинальный вкус и запах приобретает ароматизированный рутой уксус. Растение добавляют в консервированные томаты и огурцы, плодово-ягодные и овощные коктейли. Рута душистая обладает успокоительным, спазмолитическим, снотворным и мочегонными свойствами. За счет необычного запаха, растение имеет свойство пробуждать аппетит. В народной медицине отвар руты применяют при истерии, эпилепсии, упадке сил, спазмах в желудке, нарушении менструального цикла, в виде ванн – при золотухе и рахите. Свежим соком растения лечат раны и гнойные конъюнктивиты.

Употребление руты требует осторожности, так как большие ее дозы могут вызвать отравление, а наружное применение – ожоги. Нельзя использовать растение при беременности.